研究のページ/R/パッケージ依存性 - 講義のページ

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R のパッケージ依存性 †

はじめに †

問題点
debian を含む各ディストリビューションでは、それぞれ、チューンされたパッケージを提供している。例えば、r-cran-stars とか。
ところが、提供されていないパッケージを CRAN から導入しようとするとき、同時に、他のパッケージが導入されることがある。
すると、2通りでインストールされたパッケージの間で、依存性の問題が発生する。
- 症例
```
> library(stars)
 要求されたパッケージ abind をロード中です 
 要求されたパッケージ sf をロード中です 
Linking to GEOS 3.7.1, GDAL 2.4.0, PROJ 5.2.0
 エラー: package or namespace load failed for ‘stars’ in loadNamespace(i, c(lib.loc, .libPaths()), versionCheck = vI[[i]]):
  名前空間 ‘rlang’ 0.3.1 は既にロードされましたが、>= 0.4.10 が要求されています 
```
対策
まずは、R にインストールされているパッケージの間の依存関係を調べることが必要になる。

パッケージの依存関係などを調べる方法 †

library()
インストールされているパッケージの一覧を表示してくれる。
tools パッケージ
このパッケージはインストールする必要がない。はじめから入っている。
- available.packages()
  CRAN にあるパッケージ情報のリスト作成
```
library(tools)
all_pkg <- available.packages()
head(all_pkg)
```
- package_dependencies()
  依存関係などを調べる。逆引きもできる。
```
package_dependencies(packages = "ggplot2", all_pkg, which = "Depends")
package_dependencies(packages = "ggplot2", all_pkg, which = "Depends", reverse = TRUE)
```
  今回の場合、"all" で、情報を得ることができる。これらのパッケージが怪しい。
```
>  package_dependencies(packages = "rlang", all_pkg, which = "all")
$rlang
 [1] "utils"     "cli"       "covr"      "crayon"    "fs"        "glue"     
 [7] "knitr"     "magrittr"  "methods"   "pillar"    "rmarkdown" "stats"    
[13] "testthat"  "tibble"    "usethis"   "vctrs"     "withr"     "winch"    
```
  ※ 結局、これらを使っても、結果的に試行錯誤である。stars を使うために、rlang で引っかかっていた
  　問題は、pillar tidyr tidyselect といったパッケージを削除することで対応できた。
switchr パッケージ
使えそうだが、今後の課題。

Last-modified: 2022-09-02 (金) 07:55:54