研究のページ/領域気象モデル/WRFの出力結果を描画
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#topicpath
RIGHT:更新 : 2013-05-15 (水) 19:15:16
* 出力結果の処理あれこれ [#j62e8b64]
- 目次
-- [[WRF の出力結果を描画することについて>#ncf2038e]]
-- [[ARWpost + GrADS>#b3666010]]
-- [[R + netCDF>#a6cf8dc5]]
-- [[ncview>#b20cc51d]]
-- [[netCDFファイルの扱い>#ob0dc232]]
--- [[nco によるファイルの分割>#d0b78a68]]
~
~
** WRF の出力結果を描画することについて [#ncf2038e]
- 出力データの概要~
出力データは、"&color(darkred){netCDF};" (Network Common ...
そこで、netCDF 形式のデータが扱えるソフトであれば処理や描...
~
[[ARWの User's Guide>http://www.mmm.ucar.edu/wrf/users/do...
処理ソフトが紹介されている。~
-- &color(darkred){NCL}; (User's Guide 9-2〜)~
NCAR Graphics Command Laguage。NCAR で開発されているので...
NCAR Graphics (NCARG)は以前使ったことがあるけど、全然違う...
~
-- &color(darkred){RIP4}; (User's Guide 9-20〜)~
これも NCAR Graphics に基づいた対話型のソフトウエア。WRF ...
~
-- &color(darkred){ARWpost}; (User's Guide 9-29〜)~
気象でよく用いられる GrADS でデータを扱うことが出きるよう...
~
-- &color(darkred){UUP}; (User's Guide 9-36〜)~
NCEP Unified Post Processor。以前は WPP (WRF Post Process...
~
-- &color(darkred){VAPOR}; (User's Guide 9-59〜)~
Visualization and Analysis Platform for Ocean, Atmosphere...
~
** ARWpost + GrADS [#b3666010]
- 導入目的(余談)~
netCDF データは自己記述型のデータである。そこで、netCDF ...
ような変数が、どのような配列として格納されているか、知る...
…と思うと、そんなことはなく、WRF ARW の出力ファイルは、n...
しているのか、正確なところはソースを読み込む必要があるこ...
こうしたことを、WRF の達人に聞いたところ、ARWpost を使っ...
プログラミング環境として貧弱なので、できるだけ使いたくな...
使ってみることにした。
~
- 環境整備
-- 導入パッケージ~
--- grads
- インストール~
入力した部分を -> で示す。
-> $ ./configure
** WARNING: No path to NETCDF and environment variabl...
** would you like me to try to fix? [y]
-> y
Enter full path to NetCDF include directory on your s...
-> /usr/include
Enter full path to NetCDF library directory on your s...
-> /usr/lib
…
-----------------------------------------------------...
…
3. PC Linux i486 i586 i686 x86_64, gfortran com...
…
Enter selection [1-3] : 3
…
-> $ ./compile
…
~
- 実行~
適切な namelist.ARWpost を作成してから実行する。~
~
- 注意~
どうやら、gfortran ではうまく動かないらしい。少なくとも私...
[[WRFのフォーラムにも記述>http://forum.wrfforum.com/viewt...
残念!~
~
~
** R + netCDF [#a6cf8dc5]
- 環境整備~
-- 導入パッケージ~
--- r-base~
統計パッケージ R の基本的なパッケージがまとめて入る。~
~
--- ncdf~
netCDF のためのパッケージ。一般的に、導入方法は二つある。...
CRAN サイトからパッケージのソースをダウンロードして、root...
umask 022
としてから
R CMD INSTALL ncdf_1.6.6.tar.gz
ここで、
configure: error: netcdf header netcdf.h not found
と表示されてうまくいかなければ
R CMD INSTALL --configure-args="--with-netcdf-include=/u...
とする。root で R を立ち上げて、
> install.packages("ncdf")
とする方法もある。~
※ 実行後は、/usr/local/lib/R/site-library/ncdf/ をチェッ...
~
- 簡単な描画~
典型的には、R の起動後、次のようにする。
> library(ncdf)
> nc <- open.ncdf("wrfout_d01_2007-09-01_00:00:00")
> print(nc)
> filled.contour( get.var.ncdf(nc, "P") [,,1,3])
※ print(nc) で、格納されている変数名がわかる。~
~
** ncview [#b20cc51d]
とりあえず使うには重宝する。
-- debian で配布されるパッケージの説明~
説明: NetCDF 形式のファイル用の視覚的な X11 向けブラウザ
ncview を使うと、素早く簡単にボタンを押すだけで NetCDF ...
できます。データの単純な動画の表示、さまざまな次元での表...
値の表示、カラーマップの変更、データの反転や他の単純な視...
す。
~
-- 関連ページ
--- [[ncview ホームページ>http://meteora.ucsd.edu/~pierce...
~
** netCDF ファイルの扱い [#ob0dc232]
*** ncdump によるファイル情報の表示 [#m5a50c55]
-- ncdump とは~
Debian の netcdf-bin パッケージに含まれるコマンドです。~
とりあえず netCDF ファイルの情報を出力するのに便利です。~
netCDF ファイルの次元や変数などの情報の一覧を表示するには
ncdump -c ファイル名
とします。~
~
*** NCO による netCDF ファイルの分割 [#d0b78a68]
- ファイル分割が必要な理由~
そもそも、計算結果は膨大になります。特に3次元計算の場合は...
長時間の計算結果を一つのファイルにまとめてしまうと(それ...
思われるけれども)、例えば R では処理できなくなってしまい...
る必要が出てきます。~
~
- NCO とは~
netCDF Operators から命名されたコマンド群。詳細は、[[NCO ...
Debian で nco パッケージを導入すると、複数のコマンドが導...
~
- ファイルの分割方法~
ncks コマンドを使って次のようにします。
ncks -d Time,0,10 -v T wrfout_d01_2000-01-10 T.nc
ここで、引数はそれぞれ、
-- -d 以下では、次元 "Time" について 0 〜 10 まで出力する...
-- -v 以下では 変数名 "T" について出力すること
-- "wrfout_d01_2000-01-10" は切り出したいデータを含んだフ...
-- "T.nc" は切り出したものを格納するファイル名~
を表しています。
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RIGHT:更新 : 2013-05-15 (水) 19:15:16
* 出力結果の処理あれこれ [#j62e8b64]
- 目次
-- [[WRF の出力結果を描画することについて>#ncf2038e]]
-- [[ARWpost + GrADS>#b3666010]]
-- [[R + netCDF>#a6cf8dc5]]
-- [[ncview>#b20cc51d]]
-- [[netCDFファイルの扱い>#ob0dc232]]
--- [[nco によるファイルの分割>#d0b78a68]]
~
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** WRF の出力結果を描画することについて [#ncf2038e]
- 出力データの概要~
出力データは、"&color(darkred){netCDF};" (Network Common ...
そこで、netCDF 形式のデータが扱えるソフトであれば処理や描...
~
[[ARWの User's Guide>http://www.mmm.ucar.edu/wrf/users/do...
処理ソフトが紹介されている。~
-- &color(darkred){NCL}; (User's Guide 9-2〜)~
NCAR Graphics Command Laguage。NCAR で開発されているので...
NCAR Graphics (NCARG)は以前使ったことがあるけど、全然違う...
~
-- &color(darkred){RIP4}; (User's Guide 9-20〜)~
これも NCAR Graphics に基づいた対話型のソフトウエア。WRF ...
~
-- &color(darkred){ARWpost}; (User's Guide 9-29〜)~
気象でよく用いられる GrADS でデータを扱うことが出きるよう...
~
-- &color(darkred){UUP}; (User's Guide 9-36〜)~
NCEP Unified Post Processor。以前は WPP (WRF Post Process...
~
-- &color(darkred){VAPOR}; (User's Guide 9-59〜)~
Visualization and Analysis Platform for Ocean, Atmosphere...
~
** ARWpost + GrADS [#b3666010]
- 導入目的(余談)~
netCDF データは自己記述型のデータである。そこで、netCDF ...
ような変数が、どのような配列として格納されているか、知る...
…と思うと、そんなことはなく、WRF ARW の出力ファイルは、n...
しているのか、正確なところはソースを読み込む必要があるこ...
こうしたことを、WRF の達人に聞いたところ、ARWpost を使っ...
プログラミング環境として貧弱なので、できるだけ使いたくな...
使ってみることにした。
~
- 環境整備
-- 導入パッケージ~
--- grads
- インストール~
入力した部分を -> で示す。
-> $ ./configure
** WARNING: No path to NETCDF and environment variabl...
** would you like me to try to fix? [y]
-> y
Enter full path to NetCDF include directory on your s...
-> /usr/include
Enter full path to NetCDF library directory on your s...
-> /usr/lib
…
-----------------------------------------------------...
…
3. PC Linux i486 i586 i686 x86_64, gfortran com...
…
Enter selection [1-3] : 3
…
-> $ ./compile
…
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- 実行~
適切な namelist.ARWpost を作成してから実行する。~
~
- 注意~
どうやら、gfortran ではうまく動かないらしい。少なくとも私...
[[WRFのフォーラムにも記述>http://forum.wrfforum.com/viewt...
残念!~
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** R + netCDF [#a6cf8dc5]
- 環境整備~
-- 導入パッケージ~
--- r-base~
統計パッケージ R の基本的なパッケージがまとめて入る。~
~
--- ncdf~
netCDF のためのパッケージ。一般的に、導入方法は二つある。...
CRAN サイトからパッケージのソースをダウンロードして、root...
umask 022
としてから
R CMD INSTALL ncdf_1.6.6.tar.gz
ここで、
configure: error: netcdf header netcdf.h not found
と表示されてうまくいかなければ
R CMD INSTALL --configure-args="--with-netcdf-include=/u...
とする。root で R を立ち上げて、
> install.packages("ncdf")
とする方法もある。~
※ 実行後は、/usr/local/lib/R/site-library/ncdf/ をチェッ...
~
- 簡単な描画~
典型的には、R の起動後、次のようにする。
> library(ncdf)
> nc <- open.ncdf("wrfout_d01_2007-09-01_00:00:00")
> print(nc)
> filled.contour( get.var.ncdf(nc, "P") [,,1,3])
※ print(nc) で、格納されている変数名がわかる。~
~
** ncview [#b20cc51d]
とりあえず使うには重宝する。
-- debian で配布されるパッケージの説明~
説明: NetCDF 形式のファイル用の視覚的な X11 向けブラウザ
ncview を使うと、素早く簡単にボタンを押すだけで NetCDF ...
できます。データの単純な動画の表示、さまざまな次元での表...
値の表示、カラーマップの変更、データの反転や他の単純な視...
す。
~
-- 関連ページ
--- [[ncview ホームページ>http://meteora.ucsd.edu/~pierce...
~
** netCDF ファイルの扱い [#ob0dc232]
*** ncdump によるファイル情報の表示 [#m5a50c55]
-- ncdump とは~
Debian の netcdf-bin パッケージに含まれるコマンドです。~
とりあえず netCDF ファイルの情報を出力するのに便利です。~
netCDF ファイルの次元や変数などの情報の一覧を表示するには
ncdump -c ファイル名
とします。~
~
*** NCO による netCDF ファイルの分割 [#d0b78a68]
- ファイル分割が必要な理由~
そもそも、計算結果は膨大になります。特に3次元計算の場合は...
長時間の計算結果を一つのファイルにまとめてしまうと(それ...
思われるけれども)、例えば R では処理できなくなってしまい...
る必要が出てきます。~
~
- NCO とは~
netCDF Operators から命名されたコマンド群。詳細は、[[NCO ...
Debian で nco パッケージを導入すると、複数のコマンドが導...
~
- ファイルの分割方法~
ncks コマンドを使って次のようにします。
ncks -d Time,0,10 -v T wrfout_d01_2000-01-10 T.nc
ここで、引数はそれぞれ、
-- -d 以下では、次元 "Time" について 0 〜 10 まで出力する...
-- -v 以下では 変数名 "T" について出力すること
-- "wrfout_d01_2000-01-10" は切り出したいデータを含んだフ...
-- "T.nc" は切り出したものを格納するファイル名~
を表しています。
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